Aminowkasy, mówiąc najprościej, to cegiełki, z których zbudowane są wszystkie białka. Mówiąc językiem bardziej chemicznym: są to cząsteczki organiczne, zbudowane z atomów węgla, wodoru, tlenu, azotu i czasem siarki (metionina, cysteina). Jeżeli położymy je płasko, mają kształt punktu, z trzema gałązkami:

• środkowym atomem jest węgiel, do którego przyłączony jest atom wodoru i trzy pozostałe końce cząsteczki; ten węgiel to tzw. węgiel C-alfa
• w lewą stronę wystaje grupa trzech atomów: atom azotu, a do niego przyłączone są dwa atomy wodoru; to jest tzw. grupa aminowa
• w górę wystaje ugrupowanie atomów charakterystyczne dla danego aminokwasu; jest to tzw. grupa boczna
• w prawo wystaje atom węgla, do którego przyłączone są dwa atomy tlenu, do jednego z tych tlenów przyłączony jest atom wodoru; to ugrupowanie to tzw. grupa karboksylowa, charakterystyczna dla kwasów organicznych

Teraz już wiemy, dlaczego te cząsteczki nazywamy aminokwasami.

Aminokwasy różnią się między sobą TYLKO grupą boczną (wyjątkiem jest prolina). Właściwości chemiczne danego aminokwasu wynikają z budowy i własności grupy bocznej. Zróbmy krótki przegląd aminokwasów występujących w naturalnych białkach:

glicyna	najmniejszy aminokwas ze wszystkich. Jego grupa boczna to po prostu atom wodoru
alanina	jej grupa boczna to CH3, czyli grupa metylowa
walina	jej grupa boczna to CH2CH3, czyli grupa etylowa
leucyna	jej grupa boczna to CH2CH2CH3, czyli grupa propylowa
izoleucyna	jej grupa boczna to CH(CH3)2, czyli grupa izopropylowa
fenyloalanina	jak sama nazwa wskazuje, jest podobna do alaniny, tylko na końcu, zamiast grupy CH3 występuje pierścień aromatyczny fenylu
tyrozyna	drugi aminokwas aromatyczny, ważny dla emisji białkowej
tryptofan	trzeci, największy i najważniejszy aminokwas aromatyczny, wrażliwy na charakter otoczenia, w którym się znajduje
arginina	aminokwas zasadowy - ma dodatnio naładowany łańcuch boczny
lizyna	aminokwas zasadowy - ma dodatnio naładowany łańcuch boczny
histydyna	aminokwas zasadowy - w łańcuchu bocznym ma pierścień aromatyczny z 2 atomami azotu
kwas glutaminowy	w łańcuchu bocznym występuje grupa karboksylowa COO- czyli zdeprotonowana grupa COOH
glutamina	grupa karboksylowa łańcucha bocznego kwasu glutaminowego jest połączona z dodatkową grupą aminową - powstaje ugrupowanie CONH2
kwas aparaginowy	w łańcuchu bocznym występuje grupa karboksylowa COO-, łańcuch boczny jest krótszy niż w kwasie glutaminowym
asparagina	grupa karboksylowa łańcucha bocznego kwasu asparaginowego jest połączona z dodatkową grupą aminową - powstaje ugrupowanie CONH2
seryna	jej grupa boczna to CH2OH
metionina	jej łańcuch boczny to CH2CH2SCH3, czyli zawiera siarkę
cysteina	jej grupa boczna to CH3SH; grupa -SH, czyli grupa tiolowa jest bardzo reaktywna - dwie cysteiny mogą połączyć się przez grupy tiolowe tworzac mostek disiarczkowy: S-S
prolina	jest bardzo szczególnym aminokwasem, ponieważ jej grupa aminowa tworzy pierścień z grupą boczną

Aminokwasy połączone są między sobą tzw wiązaniem peptydowym:
-COOH + H₂N- powstaje -CONH-
Warto zauważyć, że dzięki temu cząsteczka białka - czyli łańcuch zbudowany z aminokwasów połączonych ze sobą wiązania peptydowe, ma 2 dobrze określone końce:

• N - koniec, bo pierwszy aminokwas ma wolną grupę aminową
• C - koniec, bo ostatni aminokwas ma wolną grupę karboksylową

Dzięki temu możemy zdefiniować kierunek, w którym będziemy podawać kolejność aminokwasów w białku - od N - końca do C - końca.