Prace prowadzone w Zakładzie Optyki Informacyjnej na Wydziale Fizyki UW obejmują szereg bardzo interesujących zagadnień:
- Wizualizacja obiektów fazowych (optyka klasyczna)
- Światłowody fotoniczne (fotonika)
- Scanning near-field optical microscopy, m. in. poprawa rozdzielczości mikroskopu SNOM
- Nanosoczewki metalowe i nanosoczewki w postaci wielowarstwy dielektryczno-metalowej (plazmonika)
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 15:00

Antoni Senatorski (IFD UW)
Poznanie mechanizmów powstawania stabilnej struktury natywnej białek wymaga zbadania przejścia konformacyjnego kłębek statystyczny - helisa. W doświadczeniach wykorzystuje się krótkie modelowe peptydy będące analogami fragmentów specyficznych białek wiążących jony wapnia (np. kalmoduliny). Zaprezentowane zostaną wyniki badań dotyczące tych zagadnień, w których wykorzystano metody fluorescencyjne i spektroskopię dichroizmu kołowego.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 15:00

dr Maciej Długosz (ICM UW)
Genetyczna choroba Huntingtona atakuje ośrodkowy układ nerwowy. Jej przyczyną jest mutacja w genie HD, kodującym białko huntingtynę (Htt). Mutacja polega na ekspansji trójki kodonu CAG oznaczającego glutaminę. W sekwencji zmutowanej huntigtyny pojawia się długi (> 35) ciąg glutamin. Nieprawidłowe białko agreguje w komórkach nerwowych, powodując ich apoptozę. Mechanizm patogenezy choroby Huntingtona nie jest dokładnie poznany. Zazwyczaj jednak wiąże się jej powstawanie ze zmianą konformacji zachodzącą w obrębie wydłużonych traktów polyQ, prowadzącą do anormalnych oddziaływań i agregacji. Przedstawione zostaną wyniki zwijania ab initio dwóch wariantów N-terminalnych fragmentów białka Htt: natywnego (zawierającego trakt polyQ o długości 17) i zmutowanego (zawierającego trakt polyQ o długości 55), metodą pełnoatomowej dynamiki molekularnej. Wyniki symulacji zostana omówione w świetle proponowanych dotychczas mechanizmów patogenezy choroby Huntingtona.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 15:00

dr Beata Wielgus-Kutrowska (IFD UW)
W związku z pojawieniem się w Zakładzie Biofizyki w niedalekiej przyszłości ogólnodostępnego nowego narzędzia badawczego – ultrawirówki na seminarium zaprezentowana zostanie, obecnie przeżywająca renesans, metoda badawcza oparta o ultrawirowanie analityczne. Opisane zastaną podstawy fizyczne, warunki stosowalności oraz przykłady wykorzystania tej metody w badaniach biofizycznych.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 15:00

dr Anna Nowicka (Wydział Chemii UW)
Wystąpienie będzie się składało z dwóch części. W pierwszej będą przedstawione powody tworzenia połączeń lek-nośnik oraz jakie nośniki do obecnej chwili stosuje się dla doksorubicyny. Druga część będzie dotyczyć tylko i wyłącznie badań kompleksu nanocząstka magnetyczna - doksorubicyna i zostaną przedstawione uzyskane wyniki eksperymentalne.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 15:00

dr Remigiusz Worch (Biophysics Group, Biotec, Technische Universität Dresden)
Charakterystyka procesów biologicznych na poziomie molekularnym jest szczególnie trudna w żywych komórkach. Jedną z technik umożliwiających realizację tego celu jest spektroskopia korelacji fluorescencji (FCS Fluorescence Correlation Spectrosopy), którą postaram się przybliżyć. Jako przykłady zastosowań omówię wyniki badań funkcjonowania receptora interleukiny-4 (IL-4) i związanej z nim ścieżki sygnałowej. Omówię również krótko strategie polegające na zastosowaniu sztucznych systemów w badaniach białek błonowych.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 15:00

prof. dr hab. Borys Kierdaszuk (IFD UW)
Zostaną przedstawione interesujące własności anizotropii fluorescencji przy promienistej dezaktywacji wzbudzonych stanów elektronowych tyrozyny i tryptofanu w wyniku absorpcji jednego fotonu lub jednoczesnej absorpcji dwóch lub trzech fotonów. Na podstawie analizy fotoselekcji przewiduje się, że graniczna (fundamentalna) wartość anizotropii fluorescencji (r0) dla wzbudzeń dwu-fotonowych (2PE) i trój-fotonowych (3PE) powinna być odpowiednio 10/7 i 5/3 razy większa niż dla jedno-fotonowych (1PE). Tymczasem tyrozyna w roztworze i w białkach jest niesfornym wyjątkiem, ponieważ wymienione wartość wynoszą ~0.28, ~0 i ~0.5, odpowiednio dla wzbudzeń 1PE, 2PE i 3PE. Zatem przewidywania są spełnione tylko dla wzbudzeń 1PE i 3PE. W przypadku wzbudzeń 2PE różnica między przewidywaniami teorii i doświadczeniem koresponduje z obserwacją ~30-nm przesunięcia widma wzbudzenia dwu-fotonowego w stronę fal krótszych względem widma wzbudzenia jedno-fotonowego (275 nm) przy energii dwu-fotonowej (550 nm). Zatem dwu-fotonowe wzbudzenia tyrozyny i tryptofanu są bardziej selektywne niż jedno-fotonowe. Natomiast położenie widm emisji fluorescencji tyrozynowej nie zależy od typu wzbudzenia. Wstępne próby interpretacji teoretycznej wskazują, że bliska zeru anizotropia fluorescencji dla dwu-fotonowych wzbudzeń elektronowych tyrozyny może być wynikiem złożenia (kombinacji liniowej) dwóch przejść o podobnych wartościach anizotropii co do wartości bezwzględnej, ale o przeciwnych znakach. Wyniki te są źródłem wiedzy o orientacji absorpcyjnych i emisyjnych przejść elektronowych w cząsteczkach i inicjują nowy kierunek poszukiwań naukowych.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

Katarzyna Inowolska (IFD UW)
Translacja, czyli powstawanie białek na matrycy mRNA, jest regulowana na wiele sposobów, głównie na etapie inicjacji. Jednym z mechanizmów regulacji inicjacji translacji jest tworzenie kompleksów eIF4E (eucariotic Initiation Factor 4E) z 4E-BP (4E Binding Protein), które uniemożliwia przyłączenie eIF4G do eIF4E i tym samym powstanie kompleksu inicjacyjnego. Podczas seminarium omówione zostaną literaturowe wyniki badań spektroskopowych dotyczących oddziaływania eIF4E z 4E-BP.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 10:30

Maciej Dziubiński (IFD UW)
Zaprezentowane zostaną modele białek (CABS i UNRES), jak również białek i kwasów nukleinowych (RedMD), w których podstawowym uproszczeniem jest zastosowanie "ziaren" (united atoms), zastępujących grupy atomów (np. łańcuchy boczne aminokwasów). Omówione zostaną podstawowe cechy modeli oraz ich zastosowania. Podjęta zostanie też próba uzasadnienia stosowania modeli gruboziarnistych w kontekście kinetyki zwijania białek.
room B2.38, Pasteura 5 at 14:15

dr Renata Grzela (CeNT UW)
Comprehensive studies of protein-protein and protein-RNA interactions affecting the mRNA life cycle
Czas życia mRNA uwarunkowany jest elementami własnej struktury oraz oddziaływaniem z szeregiem różnych czynników białkowych, które determinują jego przeznaczenie. mRNA może być albo wiązany przez czynniki rekrutujące go do aparatury translacyjnej albo specyficznie blokowany przez efektory układu immunologicznego albo degradowany przez różne wyspecjalizowane enzymy. Szczególna uwaga zostanie poświęcona ludzkim białkom IFIT oraz kompleksowi dekapującemu Dcp1/Dcp2. Podczas prezentacji przedstawione zostaną nowoczesne metody badawcze z pogranicza biologii molekularnej, komórkowej i biofizyki pozwalające na badanie opisanych oddziaływań międzycząsteczkowych.
The mRNA lifetime is influenced by its own structural elements and interactions with a number of different protein factors that determine mRNA's cellular fate. mRNAs can either be bound by factors recruiting it to the translational apparatus, specifically blocked by immune system effectors or degraded by various specialized enzymes. In this lecture a special attention will be paid to the human proteins belonging to the IFIT family and the decapping Dcp1-Dcp2 complex. We will also present advanced methods of molecular and cellular biology, as well as biophysics, for studying these intermolecular interactions. room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

Grzegorz Kisiel Na seminarium będzie kompleksowo omówione oddziaływanie białka eIF4E z syntetycznymi analogami kapu 5'mRNA, ze szczególnym naciskiem położonym na pochodne benzylowe. Omówiony zostanie proces inicjacji translacji, struktura krystalograficzna miejsca wiążącego kap w białku eIF4E oraz metody badań i opis termodynamiczny oddziaływań. Na zakończenie zostaną przedstawione plany badań do wykonania w ramach pracy magisterskiej.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

dr hab. Borys Kierdaszuk (IFD UW)
Opracowano uniwersalny, fizyczny model kinetyki zaniku fluorescencji w złożonych układach biologicznych. Wykazano, że zaniki fluorescencji wymagają podejścia statystycznego a rozkład czasów życia spełniający więzy typowego eksperymentu dany jest funkcją gamma. Wyprowadzono potęgową funkcję zaniku zależą tylko od dwóch fizycznie uzasadnionych parametrów (średniego czasu zaniku fluorescencji i wariancji rozkładu czasów zależnej od relaksacji wzbudzenia). Pokazano przewagę nowego modelu nad modelem wielowykładniczym. Wyniki te inicjują nowy kierunek poszukiwań naukowych.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 11:00

dr Joanna I. Sułkowska (Instytut Fizyki PAN i University of California San Diego)
Jedne z najbardziej skomplikowanych natywnych struktur białek zawierają zawęźlony łańcuch peptydowy. Ostatnio zostały zidentyfikowane białka zawierające węzły, które są scharakteryzowane liczbą skrzyżowań od 3 do 6. Zawęźlone struktury stanowią około 1% wszystkich białek zdeponowanych w PDB. Istnienie węzła w stanie natywnym zostało potwierdzone doświadczalnie, jednak mechanizm jego powstawania nadal nie jest znany. Nie jest także znana przyczyna posiadania węzła i jego związek z funkcją białka. Podczas seminarium dokonam przeglądu białek z węzłami. Zaproponuję teoretyczny mechanizm zawęźlenia białka, który został; potwierdzony w symulacjach dynamiki molekularnej dla białka o najkrótszym łańcuchu oraz dla białka zawierającego najbardziej skomplikowany z dotychczas zidentyfikowanych węzłów.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

dr hab. Andrzej Dziembowski (Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii UW)
Kompleks egzosomu jest podstawową rybonukleazą organizmów eukariotycznych degradującą RNA od końca 3’. Uczestniczy on praktycznie we wszystkich ścieżkach obróbki i degradacji RNA zależnych od egzonukleaz. Przedstawione zostaną nasze próby zrozumienia mechanizmu jego działania.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

prof. Ryszard Stolarski (IFD UW)
Heterodimeryczny kompleks białkowy CBC80/20 spełnia szereg różnych funkcji w organizmach eukaryotycznych, których wspólna podstawą jest specyficzne rozpoznawanie i wiązanie struktury 5’ końca mRNA (kapu). Podczas seminarium przedstawione będzie modelowe ujęcie funkcjonowania białka na poziomie molekularnym, w którym punkt wyjścia stanowi rozwiązana struktura krystalograficzna a dynamika (kinetyka) procesu wiązania CBC-kap jest uzyskiwana z pomiarów fluorescencyjncyh, SPR i obliczeń kwantowych energii oddziaływania w centrum wiążącym.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

Łukasz Tranda (IFD UW)
W bakteriach dokonuje się wiele zmian na poziomie DNA. Wektory są do tego celu bardzo dobrym obiektem badawczym oraz aplikacyjnym. Na rynku są dostępne wektory komercyjne, za używanie których trzeba zapłacić. Dochodzą również problemy związane z patentami. To było powodem, dlaczego podjęto problem konstrukcji wektora na bazie naturalnego plazmidu. Źródłem plazmidów były szczepy Lactococcus lactis, wyizolowane z mleka krowiego. Są to naturalne szczepy i dzięki temu nie są opatentowane, więc można z nich bez problemu korzystać. Na seminarium będą przedstawione wyniki eksperymentów stanowiące podstawę pracy magistrskiej.
room nr 3091 ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki, al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

mgr Joanna Panecka (IFD UW)
Dotychczasowe badania pokazują, że zarówno PNA (peptydowy kwas nukleinowy) jak i 2'O-metylo RNA, potrafią się wiązać komplementarnie do ważnych funkcyjnie fragmentów bakteryjnego rybosomu, a nawet hamować proces translacji w komórkach bakterii. Takie analogi kwasów nukleinowych mogą mieć zatem zastosowanie w projektowaniu specyficznych sekwencyjnie antybiotyków. Dlatego istotne jest poznanie ich własności strukturalnych. Na seminarium będą przedstawione wyniki symulacji dynamiki molekularnej dekamerów PNA i 2'O-metylo RNA o sekwencji komplementarnej do rRNA bakteryjnego miejsca A.
room nr 3091 (ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki), al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

dr Anna Niedzwiecka (IF PAN, IFD UW)
Przedstawiona zostanie koncepcja konsorcjum NanoBioGeo, którego projekt infrastrukturalny NanoFun będzie częściowo miał miejsce na terenie Zakładu Biofizyki IFD WF UW. W kontekscie naukowym zostaną zaprezentowane zagadnienia badawcze o charakterze podstawowym i aplikacyjnym z zakresu nanotechnologii, biotechnologii, biologii i biofizyki molekularnej oraz inżynierii nanomateriałów geopochodnych, realizowane przez zespoły zrzeszone w konsorcjum.
room nr 3091 (ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki), al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

dr Joanna Grzyb (IF PAN)
Wykład przedstawia ideę projektowania de novo wykorzystaną do tworzenia sztucznych (nie mających naturalnych odpowiedników) białek wiążących kofaktory aktywne w reakcjach redox: hem i centra żelazo-siarkowe, oraz pochodne chlorofilu jako model podstawowej jednostki fotosyntetycznych układów zbierających swiatlo. Zaprezentowane wyniki eksperymentalne charakteryzują otrzymane apoproteiny i holoproteiny pod wzgledem struktury, zdolności i specyfiki wiązania kofaktorów oraz cech związanego ligandu.
room nr 3091 (ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki), al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

prof. dr hab. Marek Cieplak (IF PAN)
Omówione zostaną dwa zastosowania modeli gruboziarnistych białek: przegląd właściwości mechanicznych 17134 białek i modelowanie nanoindentacji otoczek wirusów CCMV i CCMP. Właściwości mechaniczne badane są poprzez rozciąganie białka i określanie skali oporu na rozciąganie. Okazało się, że największy opór pojawia się w pewnych białkach z węzłami cysteinowymi.
room nr 3091 (ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki), al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

prof. dr hab. Marek Kowalczyk (IGF UW)
Przedstawione zostaną projekty regulacji prawnych zawodu optyka okularowego i optometrysty, program studiów oraz posiadane aktualnie zaplecze materialne. Omówione zostaną również skrótowo badania naukowe mogące być podstawą do wystąpienia o otwarcie studiów drugiego stopnia.
room nr 3091 (ICM, wejście od strony Zakładu Biofizyki), al. Żwirki i Wigury 93 at 10:00

dr hab. Wiktor Koźmiński (Wydział Chemii UW)